潔凈廠房在應用的初期曾稱為“無窗廠房”或“密閉廠房”，可見潔凈廠房對門窗的設置和門窗的構造均有十分嚴格的要求，以確保潔凈室所需要的潔凈度和防止運行過程中污染物從門窗滲漏。為此在現行的國內外標準規(guī)范中均對門窗進行相應的規(guī)定和要求，這些規(guī)定和要求主要有當潔凈室（區(qū)）和人員凈化用室設置外窗時，應采用雙層窗，并應有良好的氣密性，同時應采取防結露措施潔凈室（區(qū)）的門窗應滿足使用功能的要求，其構造和施工縫隙應采用密閉措施潔凈室內或不同等級之間的窗不宜設窗臺，醫(yī)藥潔凈室的窗宜與內墻面齊平，無菌潔凈室的窗宜采用雙層玻璃醫(yī)藥潔凈區(qū)域的門、窗不宜采用木質材料，需采用時應經防腐處理，并應有嚴密的覆面層醫(yī)藥工業(yè)潔凈廠房的無菌潔凈室（區(qū)）其門窗不應采用木質材料潔凈室內的密閉門應朝向空氣潔凈度較高的房間開啟，并加設閉門器，無窗潔凈室的密閉門上宜設觀察窗。醫(yī)藥潔凈室（區(qū)）的門不宜設置門檻，以避免室內灰塵在地面縫隙積聚， 另外也可便于生產過程中運輸車輛的出入。但是若沒有門檻也可能造成潔凈室內外的空氣通過門框與地面間的縫隙流通，導致污染物的漏入，所以“規(guī)范”只規(guī)定“不宜”，實際應用中應根據空氣潔凈度等級要求和需要確定是否設置門檻。工程實踐表明滿足生產工藝以上規(guī)定在潔凈室的建造中是可行的，并為滿足各行各業(yè)合格的潔凈室建筑裝修提供了依據。
潔凈廠房的門窗首先應具有優(yōu)良的氣密構造，在本書第1篇4.3.2中已對門窗的氣密構造進行了較多的闡述，除此之外，潔凈室的門窗應具備使用方便、耐氣候變化、自然變形少以及制作誤差較小、容易控制縫隙等優(yōu)良性能。潔凈室門窗的制作材質宜選用金屬制品，門窗的密閉材料主要有橡膠條、硅橡膠、密閉膠及單、雙面壓敏膠帶等。
測試資料表明，雙層窗與單層窗相比漏風量確有顯著的差異為減少泄漏風量或降低污染概率，特別是沿外墻設置的窗，選擇雙層窗是有利的。這里要說明的是即使在單層窗扇上裝雙層玻璃其漏風量也類似于單層窗，完全不同于雙層窗，不僅在扇與框的搭接部位具有類似于單層窗的缺點，而且在斷面構造上增加了槽口的復雜性。
若僅從控制環(huán)境污染的角度考慮，當廠房內若干潔凈室具有的相同空氣潔凈度等級，且相互間沒有空氣靜壓差的要求時，在此類潔凈室的隔斷上的門窗也就無需計較空氣漏入或漏出的相互影響問題，對于縫隙也可不作嚴格的密封處理。但若不同潔凈室的生產工藝要求不得有相互交叉污染或污染時，應嚴格進行氣密處理。除此之外，當與潔凈室相鄰環(huán)境的空氣潔凈度不同并需在潔凈室內采取靜壓措施時，內門、內窗以及隔斷等縫隙均應進行密封處理。
近年來各類潔凈室的墻體、頂棚多采用裝配化的金屬壁板建造，這類潔凈室的內門、內窗一般均由金屬壁板制造商提供，但其尺寸和制造要求應雙方商定，并應在制作前具有使用單位認可的二次設計詳圖，包括門、窗的氣密構造等。
圖1.4.23是潔凈室壁板墻體上氣密門構造的示例。圖（a）（c）是單開氣密門和橫截面構造示意圖，在門框與板框之間均應嵌填密封壓條等氣密材料圖（b）（d）是雙開氣密門和橫截面構造示意圖，并有一個雙開氣密門門框氣密構造放大圖圖（e）是氣密門的縱截面構造示意圖。